Территория заповедника - место сосредоточения редких растительных сообществ, сложенных редкими в Арктике видами растений. Здесь проходит Восточно-Атлантический миграционный путь птиц, гнездящихся в восточноевропейских и западносибирских тундрах и зимующих в странах Западной Европы, формируются благоприятные условия для естественного воспроизводства, откорма и нагула постоянно обитающих видов рыб, миграции проходных и полупроходных видов к местам их нерестилищ.
Образован заповедник для сохранения и изучения природных комплексов северо-востока Малоземельной тундры, акватории и островов Баренцева моря.
